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Methodik

Im Rahmen des Tübiom Projektes führen wir zunächst eine 16S Mikrobiom-Analyse der Proben durch. Das 16S rRNA Gen ist ein bakterielles Gen, das konservierte und variable Bereiche enthält.

Das 16S rRNA Gen

Wie der Name schon vermuten lässt, sind die konservierten Bereiche des Gens bei unterschiedlichen Bakterien gleich. In den variablen Regionen hingegen, nimmt die Ähnlichkeit zu, je näher verwandt zwei Stämme miteinander sind.

Diese Kombination ermöglicht es uns, variable Bereiche gezielt zu selektieren und nur diese zu analysieren. Das restliche DNA Material wird bei dieser Untersuchung nicht berücksichtigt.

Das 16S rRNA Gen-V3+V4

Der ausgewählte Bereich des 16S rRNA Gens wird vervielfältigt und anschließend sequenziert. Mit Hilfe von bioinformatischen Methoden, werden die Ergebnisse aufbereitet und gegen eine Datenbank verglichen. Durch diesen Abgleich können die DNA-Sequenzen Bakterien zugeordnet werden.